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自然子刊撤稿韓春雨NgAgo論文,系作者主動撤回。

發布時間:2017-08-04 11:26  來源:中國青年報·中青在線 作者:中國高校傳媒聯盟

????導讀:在國內外學者幾番公開質疑其可重復性過去一年后,河北科技大學副教授韓春雨關于新基因編輯技術NgAgo-gDNA的論文已由《自然-生物技術》撤回。

????北京時間8月3日,《自然-生物技術》發表題為《是該數據說話的時候了》社論,并宣布撤回韓春雨團隊于2016年5月2日發表在該期刊的論文。據澎湃新聞報道,論文撤回,是韓春雨主動申請撤回。《自然-生物技術》在社論中表示:“我們現在確信韓春雨的撤稿決定是維護已發表科研記錄完整性的最好做法。”

????《自然-生物技術》在發表社論的同時,發布了韓春雨團隊的撤稿聲明。“由于科研界一直無法根據我們論文提供的實驗方案重復出論文圖4所示的關鍵結果,我們決定撤回這項研究。”

????“雖然許多實驗室都進行了努力,但是沒有獨立重復出這些結果的報告。因此,我們現在撤回我們的最初報告,以維護科學記錄的完整性。不過,我們會繼續調查該研究缺乏可重復性的原因,以提供一個優化的實驗方案。”韓春雨團隊在撤稿聲明中表示。

????此前,該論文自去年5月2日甫一發表,韓春雨團隊及其報告的NgAgo技術便引來極大關注。論文中所描述的NgAgo技術是利用格氏嗜鹽堿桿菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute核酸內切酶,以DNA為介導進行基因編輯,簡稱NgAgo-gDNA。

????在論文中,韓春雨團隊使用NgAgo-gDNA技術,在哺乳動物細胞基因組上的47個位點進行了100%的基因編輯,效率為21.3%~41.3%。按照韓春雨團隊的實驗結果,該技術效率之高,能媲美已有“基因魔剪”之稱的CRISPR-Cas9,對基因的特定位點進行準確地剔除、添入等。

????但同年7月以來,國內外學者幾番公開質疑該論文的可重復性。按照韓春雨論文所述的方法進行實驗后,他們皆沒能證實NgAgo技術能夠編輯基因。在這一年里,韓春雨并沒公開實驗記錄,并表示他的實驗可重復,他正在不斷改進實驗效率。

????《自然-生物技術》在今天發表的以《是該數據說話的時候了》(Time for the data to speak)為題的社論中稱,我們也詢問了論文作者是否可以解答科研界為何難以重復他們的結果。于是,去年12月,韓春雨及同事,還有另外幾個與本刊聯系的獨立研究小組,提供了新的數據,稱已經重復了NgAgo基因編輯活性。當時,本刊編輯和一位外部評審人都判定這些數據太過初級,不滿足發表標準。因此,我們決定給這些原始論文作者和新的研究小組更多時間來收集更多的能支持其論點的實驗證據。

????“現在,距原論文發表已過去了一年多,我們了解到當初曾報告說初步成功重復出實驗結果的獨立研究小組,無法強化初始數據,使其達到可發表的水平。類似的,在征求專家評審人的反饋意見后,我們判定韓春雨及同事提供的最新數據不足以反駁大量與其初始發現相悖的證據。我們現在確信韓春雨的撤稿決定是維護已發表科研記錄完整性的最好做法。”《自然-生物技術》的《是該數據說話的時候了》社論中寫道

以下為《自然-生物技術》社論全文及韓春雨撤稿聲明(中文翻譯版本):

《自然-生物技術》社論:是該數據說話的時候了

????一項宣稱通過Argonaute酶實現基因編輯的研究被撤回,這顯示了論文發表后的同行評議在全天候媒體時代的重要性。

????本期,韓春雨及同事撤回了發表于去年5月的一篇論文。該論文稱,短5′磷酸化單鏈DNA可引導格氏嗜鹽堿桿菌核酸內切酶(NgAgo)產生雙鏈斷裂,實現對人類基因組的編輯。論文一發表,便引起科研人員的極大興趣和媒體的競相報道。但是很快,在推特、博客和其它社交媒體的助燃之下,有關該研究可重復性的質疑開始迅速增多。去年11月,本刊發表了“編輯部關注”(Editorial Expression of Concern),提醒科研界留意這些可重復性方面的擔憂。為了最終解決這個爭議,多個研究小組在數月里生成了更多的實驗數據。如今塵埃落定,這也是世界各地的許多實驗室為澄清NgAgo的功能而付出的大量時間、精力和資金的證明。

????韓春雨的這篇論文自去年發表后所產生的影響力,再怎么夸張地說也不為過,尤其是在論文的來源地中國。中國媒體紛紛進行報道,以大標題宣告一項全新基因編輯系統的發現。這無疑是一篇中國去年被報道最多的論文;媒體監測公司融文(Meltwater)的數據顯示,僅在論文發表后的最初兩個月,就有將近4000篇相關的中文新聞報道。

????NgAgo的轟動之處集中在它有可能補充,甚至取代CRISPR/Cas9基因編輯系統之一點上。NgAgo有望以一個目標序列進行基因編輯(Cas9不僅需要目標序列,還需要另外一個附近的識別(PAM)序列)。而且,初始數據還顯示了它在其它方面的優勢,如引物的穩定性更強(DNA相對于Cas9采用的RNA),增強特異性,減少基因組編輯脫靶,改善在基因組富含GC區域的活性,以及使所用的試劑更易于合成和處理。

????如果說這一切都聽上去太過美好而令人難以置信,那么去年夏天以來,隨著越來越多的實驗室無法重復該論文所報告的基因組編輯功能,質疑聲便開始出現了。在各種基因組編輯會議上,在新聞討論組和電子郵件中,這篇論文成為最熱話題之一。這很快便引起媒體注意,有關該初始報告有效性的正反兩方面的聲音開始交鋒。我們內部的圖像完整性篩查沒有發現韓春雨論文的明顯異常,復查數據的三位外部評審人也持相同觀點。

????在此期間,《自然-生物技術》一直與科研界保持聯絡,關注各種為重復論文所做的持續努力。最終,在編輯們的協調下,三個獨立小組的成果形成了一篇單獨的反駁性論文,并通過了同行評議(Nat. Biotechnol.34, 768–773, 2016)。有了這些數據,我們就有充分的理由去提醒讀者留意該論文可能存在問題,我們將正式的“編輯部關注”發表在該篇論文所在的網址上,此舉得到包括韓春雨在內的兩位論文作者的支持。

????我們也詢問了論文作者是否可以解答科研界為何難以重復他們的結果。于是,去年12月,韓春雨及同事,還有另外幾個與本刊聯系的獨立研究小組,提供了新的數據,稱已經重復了NgAgo基因編輯活性。當時,本刊編輯和一位外部評審人都判定這些數據太過初級,不滿足發表標準。因此,我們決定給這些原始論文作者和新的研究小組更多時間來收集更多的能支持其論點的實驗證據。

????現在,距原論文發表已過去了一年多,我們了解到當初曾報告說初步成功重復出實驗結果的獨立研究小組,無法強化初始數據,使其達到可發表的水平。類似的,在征求專家評審人的反饋意見后,我們判定韓春雨及同事提供的最新數據不足以反駁大量與其初始發現相悖的證據。我們現在確信韓春雨的撤稿決定是維護已發表科研記錄完整性的最好做法。

????這篇有關NgAgo的論文發表出來,并不是科研過程的結束,而是開始。與任何其它發表出來的報告一樣,正是廣大的科研共同體對相關方法進行了檢驗,識別潛在的錯誤來源,驗證試劑并優化試驗。在本例中,有多位敬業的研究者個人對已發表實驗方法的各種細節進行檢驗,并完成記錄翔實和有對照組的反駁性研究 (Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。

????這篇NgAgo論文也顯示了社交媒體的利與弊。顯然,這些平臺對于迅速提醒廣大科學界留意該論文可能存在的問題發揮了重要作用。但是,它們也抬高了人們的預期,以為有關這篇論文的問題是直截了當,可以快速解決的。然而,關于NgAgo的各種問題是無法在幾個星期或幾個月內就能澄清的,這是有原因的。即使是簡單的實驗也需要花費數周來準備、實施、分析和解決出現的問題。另外于事無益的是,那些進行可重復性研究的人,其付出的努力往往得不到回報——這樣的工作單調乏味,沒有資金支持,還吃力不討好。

????難怪在希望得到快速、明確答案的全天候媒體和公眾眼中,論文發表后的同行評議流程似乎慢得讓人沮喪。但是,當涉及生物學時,往往沒有明確的答案。當研究重復性時,有一點我們是知道的,那就是這需要花時間來做。就這篇有關NgAgo的論文而言,現在是時候了,數據已經說話了。

????點擊查看:社論鏈接

撤稿:利用NgAgo進行DNA引導的基因組編輯

????作者:高峰,沈嘯,姜峰,武永強和韓春雨

????Nat. Biotechnol.34, 768-773 (2016); 2016年5月2日在線發表,論文進入印刷版后2016年11月28日在線發表補編;2017年8月2日撤稿;doi:10.1038/nbt.3547

????由于科研界一直無法根據我們論文提供的實驗方案重復出論文圖4所示的關鍵結果,我們決定撤回這項研究。在該圖中,我們報告說,利用5′磷酸化單鏈DNA作為引導,NgAgo(Natronobacterium gregoryi Argonaute)能夠有效引起雙鏈斷裂,并對人體細胞基因組進行編輯。雖然許多實驗室都進行了努力(Protein Cell 7, 913-915, 2016; Nat. Biotechnol.35, 17-18, 2017; Cell Res.26, 1349-1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017) ,但是沒有獨立重復出這些結果的報告。因此,我們現在撤回我們的最初報告,以維護科學記錄的完整性。不過,我們會繼續調查該研究缺乏可重復性的原因,以提供一個優化的實驗方案。

????點擊查看:撤稿聲明鏈接

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來源:中國青年報·中青在線

【責任編輯:聶亞棟】
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